質譜信號強度與待分析物含量的關系，任何定量分析方法都需要建立實驗測量信號與待分析物的量的關系。很幸運的是，在質譜中，通常也可以建立這樣的關系，因此質譜信號是可以用于定量的。
關于“質譜是怎樣做到定量的?”，我們不妨把質譜信號的產生按時間順序粗略分為三個步驟，即離子的產生，傳輸與檢測。
產生離子時，不同樣品分子的電離通常是相互獨立的。因此樣品量越多，其產生的離子也就越多。目前常用的各種離子化方法(EI、ICP、ESI、MALDI等)在實驗中(嚴格來說僅在一定濃度范圍內)都至少滿足樣品量與產生離子量的正相關，一般情況下也可以進一步近似成線性相關。 傳輸離子時，簡單來說可以認為傳輸效率與被傳輸離子的量無關;(嚴格地說，被傳輸的離子太多時，相同電荷的互相排斥會造成離子束的“體積”變大，導致傳輸效率下降。這種影響在空間有限的離子阱中表現得更加明顯，因此在離子阱質譜中一個重要的技術就是適當控制進入儀器的離子數量，使其既不太少也不太多。) 檢測離子時，不論是使用光電倍增管的檢測器，還是檢測鏡像電流的檢測器(ICR/Oribtrap)，其信號強度(在一定范圍內)均與離子數量大致線性相關。
一般情況下我們看到的質譜圖常用相對強度作為縱坐標，即0-100%最強峰，而不展示信號的絕對強度。但在做質譜的時候，儀器記錄的當然是絕對強度(相對強度也是通過絕對強度換算出來的)。我們需要用絕對強度來定量時，就需要這部分平時不常看的信息了。
另外，在談到色譜-質譜聯用方法時，待分析物與實驗測量信號的關系之中又多了一層色譜，即待分析物含量->色譜流出物中樣品含量->質譜信號。與EI譜圖分析以相對強度為主不同，在色譜-質譜聯用時，信號的絕對強度就成了我們天天都要關心的內容，因為質譜信號強度隨時間的變化就是實驗的色譜圖，通常以總離子強度或者某一特定質荷比離子的強度作圖。
要實現質譜定量分析一般有兩種方法。
1. 外標法
將待測物質A的標準品(特點是純度非常高，有時也可稱之為該物質的純品)用某種有機溶劑S稀釋成不同的濃度的標準溶液，分別取等量(一般是等體積)的這些不同濃度的標準溶液進行質譜分析。由此可以得到一組樣品量和信號值一一對應的數據，以其繪制成的曲線稱為標準曲線。現在就有了一把還不錯的尺子，然后就可以去拿要檢測的實際樣品R進行質譜分析了。根據標準曲線就可以由得到的信號值去反推物質A在該實際樣品R中的含量了。
2. 內標法
將已知量待測物質A的同位素標記物I摻雜到實際樣品中去，然后進行質譜分析。同位素標記物一般是利用H原子的同位素氘，即A里面的H在其同位素里都換成了氘，這樣通過A的化學式就能推算出，A和I的質譜峰的差別也就知道了。根據兩者信號的比值和I的實際摻雜量就能推算出A的質量。為什么選擇同位素標記物進行標定呢?原因就是因為兩者之間的各種物理和化學屬性非常接近，除了分子量的差別幾乎可以認為一模一樣，因此就可以排除由于樣品中基質的干擾(離子抑制之類的)引起的誤差。值得一提的是這種情況在外標法里是無法避免的。
當然實際上為了簡化流程或者實在是不好找同位素標記物(實際上有大量的同位素標記物可以買到)，或者節省成本以及其他原因，往往采用其他不是同位素的物質做標記物，當然標準還是要往物性相似上去貼的。這樣做出的定量結果，在一定程度上也是可以接受的。
科米代謝提供質譜相關基礎信息，幫助我們對于實驗儀器有更深的理解。
