色譜柱按用途可分為分析型和制備型兩類， 尺寸規格也不同： ①常規分析柱(常量柱)，內徑 2~5mm(常用 4.6mm)， 柱長 10~30cm; ②窄徑柱(narrow bore，又稱細管徑柱、 半微柱 semi-microcolumn)， 內徑 1~2mm， 柱長 10~20cm; ③毛細管柱(又稱微柱 microcolumn)， 內徑 0.2~0.5mm; ④半制備柱， 內徑>5mm; ⑤實驗室制備柱， 內徑 20~40mm， 柱長 10~30cm; ⑥生產制備柱內徑可達幾十厘米。柱內徑一般是根據柱長、填料粒徑和折合流速來確定，目的是為了避免管壁效應。
常見的分配柱填料： 碳十八柱 (ODS/C18)、 碳八柱(MOS/C8)、 碳六柱(Hexyl/C6)、碳四柱(Butyl/C4)、 碳一柱(Methyl/C1)、 陰離子交換柱(SAX)、陽離子交換柱(SCX)、 苯基柱(Phenyl)、 氨基柱(Amino/NH2)、氰基柱(Cyano/CN/Nitrile)
常見的吸附柱填料： 硅膠柱
色譜柱的安裝
1、 首先應確認柱和儀器的接頭以及管路是否匹配。為減少死體積、進樣閥、 柱子、檢測器之間的連接管路內徑盡可能使用內徑較小的管線，同時控制進樣器、色譜柱和檢測器之間連接管線的長度。安裝色譜柱之前，確認流路系統中的溶劑是否正常。對分析較復雜的樣品建議安裝保護柱。
2、 為了使色譜柱與儀器系統達最佳的連接效果，應盡量使用與色譜柱接口相匹配的螺帽和錐形接頭，如原來的接頭長期匹配其他類型的色譜柱，建議在連接新色譜柱前應檢查匹配情況，避免造成色譜柱的損壞或因色譜柱不匹配造成的漏液。
3、 使用 PEEK 材料的通用接頭，只需用手擰緊不需要特定扳手，使用壓力為 5000psi；使用溫度不得超過 80℃。
流動相的選擇
1、 在進行樣品檢測前， 至少使用 20 倍柱體積流動相使色譜柱充分平衡。 流動相一定要使用色譜級別的溶劑。 如使用水相的緩沖液應當天配制以保持新鮮避免細菌產生。
2、 流動相使用前需用微孔濾膜過濾,消除流動相中顆粒對色譜系統和色譜柱的損壞。緩沖液與其他流動相混合后應重新過濾避免溶解度變化造成產生新的沉淀。不應使用純水作為流動相沖洗 C18 色譜柱， 以免柱性能損壞。添加 5%-10%的有機溶劑沖洗色譜柱，同時可以達到對緩沖鹽清洗的作用，還可以使色譜柱更容易平衡。
3、 流動相需脫氣后使用， 可避免因氣泡導致的泵和檢測器的工作不正常。 如果測試時使用的流動相與色譜柱保存使用的流動相有較大區別， 應該使用過度分布的形式進行平衡。避免由于流動相的突然變化造成柱壓增加過大或流動相緩沖鹽結晶造成對色譜柱和儀器系統的損壞。 正相色譜柱比反相色譜柱需要更長的平衡時間。
樣品制備
1、 樣品應當盡可能溶解在能與流動相相互溶的溶劑中。除特殊指明外，如使用強溶劑溶解樣品柱子的分辨率將可能降低。
2、 樣品溶液在進樣前應使用針頭式過濾器對樣品預先過濾。頻繁改變流動相組成，會加速降低柱效。
3、 色譜柱由高壓勻漿法裝填，能承受較高壓力。為獲得最佳分離效果，使用時請不要超過 200kgf， 而且避免壓力突然上升或變化，否則會造成硅膠填料的破壞，減少色譜柱的使用壽命。除特殊要求外最高操作溫度不要超過 60℃。
保存操作
1、 如果流動相含有酸或無機鹽， 應當先用去離子水(20 倍柱體積) 沖洗干凈。 然后用用 100%乙腈或甲醇保存色譜柱。 最后用柱子的接頭密封， 并放在穩定的環境中存放。
2、 應避免色譜柱受到直接的機械沖擊或摔落， 避免造成色譜柱性能的降低。
色譜柱的再生：
用相當于 20 倍柱體積的溶劑按下列順序沖洗柱子， 建議按柱子的箭頭方向沖洗， 盡可能不反沖。沖洗時使用的的參考溶劑順序是水、甲醇、氯仿、異丙醇。
注意事項
色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中， 需要注意下列問題，以維護色譜柱。
① 避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。 溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況; 柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料， 因此在調節流速時應該緩慢進行， 在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
② 應逐漸改變溶劑的組成， 特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
③ 一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
④ 選擇使用適宜的流動相(尤其是 pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時， 預柱為硅膠， 可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
⑤ 避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內， 需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
⑥ 經常用強溶劑沖洗色譜柱， 清除保留在柱內的雜質。 在進行清洗時， 對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的 20 倍左右，即常規分析需要 50~75ml。
