代謝物分析與鑒定是代謝組學的核心部分，當前肝臟疾病代謝組學研究中代謝物分離分析與鑒定的主要技術平臺主要包括基于質譜鑒定技術的氣相色譜‐質譜、液相色譜‐質譜、超高效液相色譜‐質譜、毛細管電泳‐質譜和氫譜核磁共振等。

　　基于質譜技術的GC‐MS、LC‐MS、UPLC‐MS、CE‐MS更普遍應用于肝臟疾病體液代謝組學研究中。GC‐MS是應用較早的代謝組學技術，通過GC‐MS代謝組學技術研究控制組、肝細胞癌(HCC)組、HCC肺癌轉移組大鼠尿液和血清結果表明在HCC中7種氨基酸(血管緊張素Ⅱ、異亮氨酸、甘氨酸、鳥氨酸、苯丙氨酸、天冬酰胺、酪氨酸)顯著升高，谷氨酸降低;轉移組苯丙氨酸和酪氨酸上調而谷氨酸下調;絲氨酸 、鳥氨酸、苯丙氨酸、天冬酰胺、蘇糖醇、5‐羥基脯氨酸，2，3，4‐三羥基丁酸轉移組低于HCC組，除乳酸外，所有鑒定的代謝物轉移組都比HCC更低;在尿液中，丙氨酸、絲氨酸、甘氨酸、蘇氨酸在HCC組升高相對于健康組，而在轉移組未發現，絲氨酸、甘氨酸、蘇氨酸、乳酸、2，4‐二羥基嘧啶、3‐氨基丙酸、蘋果酸、5‐羥脯氨酸、葡萄糖酸在轉移組里更低，2‐甲基琥珀酸在轉移組更高。盡管GC‐MS重現性好、靈敏度高，但是GC‐MS只能分析熱穩定性高的代謝物，往往需要對樣品里的代謝物進行蛋白沉淀、提取和兩步衍生，而提取和衍生的效率卻很少有系統的研究。LC‐MS技術具有高通量、能分離復雜樣品的特點，在肝癌尿液代謝組學研究中采用超高效液相色譜質譜技術，聯用親水色譜模式和反相色譜模式，親水色譜模式下鑒定的幾種代謝物與精氨酸和脯氨酸代謝相關而反相色譜模式下與脂肪酸氧化相關的代謝物被發現，克服了之前采用一維反相色譜質譜忽略極性代謝物鑒定的缺陷。應用CE‐MS技術對不同肝臟疾病血清代謝物進行分析，進一步結合LC‐MS多反應監控發現γ‐谷氨酰二肽水平可以作為不同肝臟疾病分型依據;在肝細胞癌血清和尿代謝組學研究中采用氣相色譜飛行質譜和超高效液相色譜四極桿飛行質譜2種技術平臺，鑒定了40個血清代謝物和31個尿代謝物;可以預見整合應用不同代謝組學技術、整合應用不同的樣本更有利于“全景式”揭示肝臟疾病代謝物或對目標代謝物進行定量分析。

　　目前，肝臟疾病代謝組學研究都去除掉蛋白質進行代謝物分析，而同時分析那些結合在蛋白質上的代謝物和結合代謝物的蛋白質或有助于發現代謝途徑改變的信號通路。此外，各種技術平臺樣品前處理方法比較研究較少，發現不同的肝組織提取策略對UPLC‐MS分析信號的變異系數有較大差異，表明為使肝臟疾病代謝組學研究結果具有可比性，肝臟疾病代謝組學研究樣品前處理應逐漸規范化、標準化。

　　根據數據分析發現的差異代謝物在肝臟疾病期水平上調或下調情況，結合代謝物正常的生物化學途徑和生物學功能發現肝臟疾病代謝途徑改變主要來自于能量代謝、脂類代謝、氧化應激等，初步揭示肝臟疾病發生、發展機制然而，代謝組學在肝臟疾病應用研究中，在生物樣本前處理方面亟待規范化、標準化;代謝物分析與鑒定技術平臺、數據分析方法、生物樣本等內部整合應用尚處于發展階段;外部整合基因組學、蛋白質組學、轉錄組學和代謝組學技術系統研究肝臟疾病鮮有報道。隨著整合代謝組學研究方法發展及在肝臟疾病研究中的應用，可以預見全面揭示肝臟疾病發生、發展機制將為期不遠。